终端登录

1. ssh 终端登录管理登录节点入口ip, 端口号(缺省 22)

2. vim job.slurm 编辑修改作业脚本

3. sbatch job.slurm 提交作业

启动 gui 程序

1. 下载安装 MobaXterm 软件, 登录后, 直接运行 gui 程序即可.

作业提交

1. 编写 作业脚本, 如下示例
   [user1@login ~]$ cd work01/
   [user1@login work01]$ cat soft.slurm
   #!/bin/sh
   #SBATCH --partition=cpu
   #SBATCH --job-name=cpujob
   #SBATCH --nodes=2
   #SBATCH --ntasks-per-node=4
   
   module load compiler mkl mpi
   mpirun -np $SLURM_NPROCS hello | tee output
   

   [user1@login ~]$ cd work01/
   [user1@login work01]$ cat cluster.slurm
   #!/bin/sh
   #SBATCH --partition=gpu
   #SBATCH --job-name=gpujob
   #SBATCH --nodes=2
   #SBATCH --ntasks-per-node=4
   #SBATCH --gres=gpu:4
   #SBATCH --gpus-per-task=1
   
   module load compiler mkl mpi
   module load cuda/11.6
   module load gpujob
   mpirun -np $SLURM_NPROCS gpujob | tee output
   

   
   cat job.slurm
   
   #!/bin/bash
   #SBATCH --job-name=test
   #SBATCH --output=test_%j.out
   #SBATCH --error=test_%j.err
   #SBATCH --partition compute
   #SBATCH --nodes=1
   #SBATCH --tasks-per-node=2
   #SBATCH --cpus-per-task=1
   python job.py
   
   sbatch job.slurm
   

   cat pwmat.slurm
   
   #!/bin/bash
   #SBATCH -o job.%j.out
   #SBATCH --partition=compute
   #SBATCH -J myFirstMPIJob
   #SBATCH --nodes=2
   #SBATCH --ntasks-per-node=32
   
   # 导入MPI运行环境
   module load intel/2017.1
   
   # 导入MPI应用程序
   module load pwmat/2023.12.25
   
   # 生成 machinefile
   srun hostname -s | sort -n >slurm.hosts
   
   # 执行MPI并行计算程序
   mpirun -n 64 -machinefile slurm.hosts PWmat > log
   
   sbatch pwmat.slurm
   

   cat pwmat.slurm
   
   #!/bin/sh
   #SBATCH --partition=3080ti
   #SBATCH --job-name=H2relax
   #SBATCH --nodes=2
   #SBATCH --ntasks-per-node=4
   #SBATCH --gres=gpu:4
   #SBATCH --gpus-per-task=1
   
   module load compiler mkl mpi
   module load cuda/11.6
   module load pwmat
   mpirun -np $SLURM_NPROCS PWmat | tee output
   
   sbatch pwmat.slurm
   

   srun --time=1:00:00 --nodes=1 --ntasks=32 --partition=gpu --pty bash
   

   提示 tip

   • module ava 查看集群里 module 的版本, 对上面脚本做相应修改

   • sinfo 查看集群里 partition 信息, 对所使用分区做相应修改

2. 准备作业输入文件, sbatch 提交作业

   sbatch job.slurm
   

提示 tip

• 禁止使用 yum update 或 yum upgrade 升级系统, (特别是 glibc, kernel 等系统核心组件)
• 尽量不要使用 root 超级用户, 除非是添加用户，维护系统等必须要使用 root 权限的操作.
• 具备一定的 linux 系统管理经验的用户才可以使用 root 进行维护工作, 维护完退出 root 账号.

注意 Caution

• 禁止用户直接在登陆节点上运行计算程序
• 请不要直接在管理登录节点进行 TB 级别数据拷贝!!!